Ultimete Spider-Man отличается от оригинального комикса как сюжетом в целом, так и стилистикой написания. Так например на становление Питера Паркера Человеком-Пауком в комиксе «The Amazing Fantasy» ушёл один не полный комикс, а в Ultimate на это ушло 7 номеров и история получилась более чёткой, насыщенной и жизненной! Первые 30 номеров подавались в стиле единого длинного сюжета, к которому добавлялись такие мелочи, как враги, новые персонажи, любовные линии и т.п., но начиная с сюжета про Венома сюжеты стали разбиваться на мини-серии по 4 - 7 номеров (что очень характерно для комиксов), в мини-сериях обычно присутствует основной враг или же группа врагов, а так же некая линия отношений между персонажами, и концом мини-серии является победа над врагом и кульминация или развитие отношений между персонажами.

Так же характерной чертой этого комикса является изменение биографий и внешнего вида персонажей (как и всей Ultimate вселенной в целом). Так например Зелёный Гоблин является зелёным монстром, а не костюмом, Веном является костюмом для лечения рака (и по совместительству оружием), а не инопланетный симбиот. Так же стоит отметить, что комикс не живёт своей отдельной жизнью, и герой постоянно контактирует с другими персонажами и командами этой вселенной, такими как Алтимейст (англ. Ultimates — ultimate-версия Мстителей), Люди Икс, Сорвиголова и другие. События, произошедшие в комиксе, часто отражаются в других комиксах об Ultimate-вселенной, а глобальные события вселенной затрагивают и события в комиксе, так комикс затронуло глобальное событие, именуемое Ультиматумом